Fernando Stefani se graduó como Ingeniero en Materiales en el Instituto de Tecnología Prof. Jorge Sabato (IT, UNSAM-CNEA), en 2001. Realizó un Doctorado en Cs. Naturales en el Max-Planck-Institute en Alemania, graduandose en 2004 con la presentación de la tesis «Confocal microscopy applied to the study of single entity fluorescence and light scattering».

Su carrera como investigador comenzó en Europa, siendo miembro del Instituto de Ciencias Fotónicas (ICFO) de Barcelona (2006-2008), líder de grupo en la Facultad de Física, Ludwig-Maximilians-Universität München en Munich (2008-2009) y en la Sociedad Max Planck (2011-2016).

Desde 2009 es investigador del CONICET y desde 2010 Profesor Adjunto en la Universidad de Buenos Aires (UBA). Además se desempeña como vicedirector del Centro de Investigaciones en Bionanociencias (CIBION, CONICET) desde 2012. Ha sido asesor del Senador Omar Perotti en la Comisión de Ciencia y Tecnología del Honorable Senado de la Nación.